พ.ศ. 2482 ไทยเรียกร้องดินแดนคืนจากฝรั่งเศส ทางราชการและคนไทยชาตินิยมมีความคิดว่าศาสนาคริสต์นิกายโรมันคาทอลิคเป็นศาสนาของฝรั่งเศส ดังนั้น จึงเริ่มทำการเบียดเบียนพวกคริสตัง ทางราชการได้เริ่มสั่งปิดโรงเรียนคาทอลิกและพยายามทำให้พวกคริสตังละทิ้งศาสนา นักเรียนต้องไปเรียนที่โรงเรียนพุทธ มีคำสั่งจากกรมตำรวจเรียกชาวฝรั่งเศสทุกคนที่อยู่ในจังหวัดทางภาคอีสานและภาคตะวันออก ให้เดินทางออกจากจังหวัดดังกล่าวโดยด่วนภายในเวลา 48 ชั่วโมง และคนเชื้อชาติฝรั่งเศสจะอยู่หรือผ่านไปไม่ได้ นอกจากจะได้รับอนุมัติจากอธิบดีกรมตำรวจ พระฝรั่งเศสต้องเดินทางเข้ามาอยู่ในพระนคร เจ้าอาวาสที่ปกครองวัดต่างๆ ต้องเปลี่ยนเป็นพระสงฆ์ไทยชั่วคราว พระสงฆ์ฝรั่งเศสบางองค์ถูกทำร้ายร่างกาย มีคนกลุ่มหนึ่งซึ่งเรียกตัวเองว่า “คณะเลือดไทย” จากจังหวัดต่างๆ คอยทำการต่อต้านศาสนา ออกใบปลิว และจดหมาย ยุยงให้คนไทยที่นับถือศาสนาคริสต์นิกายคาทอลิกเปลี่ยนมานับถือศาสนาพุทธ และห้ามทำศาสนกิจที่เกี่ยวกับคาทอลิกทั้งสิ้น

วันที่ 10 มกราคม พ.ศ. 2484 บาทหลวงบุญเกิดได้เดินทางจากโนนแก้วถึงโคราช เพื่อรับบาทหลวงเลโอนาร์ดสิงหนาท ผลสุวรรณ เข้ากรุงเทพฯ ด้วยกัน แต่บาทหลวงเลโอนาร์ดได้ฟังวิทยุรายการ “สนทนาของนายมั่น-นายคง” ซึ่งใส่ร้ายโจมตีพวกคริสตัง จึงไปหลบภัยที่วัดหัวไผ่ ชลบุรี ท่านจึงไปวัดบ้านหันเพื่อรับบาทหลวงอัมบรอซิโอ แต่บาทหลวงอัมบรอซิโอก็ไม่อยู่เช่นกัน ดังนั้น เย็นวันที่ 11 มกราคม บาทหลวงบุญเกิดจึงย่ำระฆังที่วัดบ้านหัน เรียกคริสตังมาสวดภาวนาค่ำ และแจ้งให้คริสตังมาฟังมิสซาในวันรุ่งขึ้นซึ่งเป็นวันอาทิตย์และเป็นวันฉลองพญาสามองค์ ในระหว่างที่กำลังสวดภาวนาอยู่ มีสมาชิกเลือดไทยไปรายงานแก่นายอำเภอสีคิ้วและเจ้าหน้าที่ตำรวจ

เช้าวันที่ 12 มกราคม เป็นวันฉลองพญาสามองค์ (The Epiphany of the Lord) บาทหลวงบุญเกิดถูกเจ้าหน้าที่ตำรวจจับกุม ในข้อหา “ตีระฆังผิดเวลา” และบานปลายเป็น “กบฎภายนอกราชอาณาจักร” และถูกตัดสินจำคุก 15 ปี ที่เรือนจำกลางบางขวาง ในระหว่างนี้ท่านยังคงทำงานแพร่ธรรมแก่นักโทษ จนสามารถโปรดศีลล้างบาปแก่นักโทษได้ถึง 66 คน ต่อมาท่านถูกย้ายไปอยู่แดนผู้ป่วยวัณโรค จนติดวัณโรคและถึงแก่มรณกรรมเมื่อวันที่ 12 มกราคม พ.ศ. 2487 ศพของท่านถูกนำไปฝังไว้ที่วัดบางแพรกซึ่งอยู่ใกล้กับเรือนจำ ต่อมา พระสังฆราช เรอเน มารี ยอแซฟ แปร์รอส (René Marie Joseph Perros) ประมุขมิสซังกรุงเทพฯ ได้ขอนำศพบาทหลวงบุญเกิดมาฝังที่อาสนวิหารอัสสัมชัญ (ปัจจุบันศพถูกเก็บไว้ที่สักการสถานบุญราศีนิโคลาส บุญเกิด กฤษบำรุง นครปฐม)

มิสซังโรมันคาทอลิกกรุงเทพฯ ได้ยื่นเรื่องการเป็นมรณสักขีของบาทหลวงบุญเกิดต่อสันตะสำนักในปี พ.ศ. 2535 การสอบสวนดำเนินมาจนถึงวันที่ 5 มีนาคม พ.ศ. 2543 บาทหลวงบุญเกิดจึงได้รับการประกาศเป็นบุญราศี (blessed/beatus) โดยสมเด็จพระสันตะปาปาจอห์น ปอลที่ 2 (Ioannes Paulus II)

@นับเก้า